Un flashback ci porta a Kandor 20 anni prima della distruzione di Krypton. Un dottore sta prelevando dei campioni di sangue a tutti i kandoriani. C’è in corso una guerra civile e questo sangue può permettere ai kandoriani di avere l’immortalità. Il dottore non riesce però a prelevare il sangue di Zod, perché fermato da Jor-El. Jor-El e Zod si affacciano dalle trincee, Kandor è completamente distrutta.
Zod sta tenendo un discorso agli altri kryptoniani. Essi non ricordano niente di quanto è accaduto a Kandor e Zod gli dice che Jor-El, arrivato anche lui con la Sfera, sta commettendo il grave errore di mettersi contro di loro e avergli tolto i poteri.
Alla Torre di controllo Chloe dice a Clark che gli uomini di Tess hanno cercato i kandoriani nel deserto e gli consiglia di fare la stessa cosa. Per poter compiere il viaggio Clark si serve di uno dei jet di Oliver, che si offre di accompagnarlo.
Zod incontra Tess. Il kryptoniano le chiede di individuare Jor-El, cioè quello che lei conosce come la Macchia.
Arrivati lì Clark, con il supersoffio, porta via un cumulo di sabba che rivela il simbolo degli El. A pochi passi da lì trova anche la piastrina di Jor-El, intuendo così l’arrivo di suo padre sulla Terra.
Jor-El va alla fattoria dei Kent dove incontra Chloe. Non ricordando nulla Chloe gli fa vedere una foto di Clark e gli racconta di come sia arrivato sulla Terra. Jor-El gli racconta quanto ricorda. Si trova davanti al Consiglio esecutivo, accusato di tradimento. I membri del Consiglio lo accusano perché vogliono racchiudere in una sfera tutte i campioni di sangue dei kryptoniani e Jor-El non vuole farlo. Il Consiglio lo condanna a morte, ma le parole di Zod, da poco arrivato lì lo salvano. Il Consiglio decide allora di approvare con la condizione che nella Sfera vi sia anche il loro sangue.
Poco dopo degli uomini armati entrano nella fattoria. Jor-El stordisce Chloe e affronta gli uomini con scarso successo. Gli uomini, mandati da Tess, lo portano al castello. Qui Tess spiega a Jor-El che Zod sta cercando la Macchia, ma non sa dell’esistenza di Kal-El. Così la donna gli chiede di fingere di esserlo. Poco dopo però Tess, distratta da una conversazione con Zod, si lascia sfuggire Jor-El, prelevato dagli uomini del generale kryptoniano.
Arrivato alla fattoria Clark sveglia Chloe e viene a sapere che, insieme a suo padre, è arrivato anche Zod. Chloe fa vedere a Oliver e Clark quanto è successo alla fattoria. Clark capisce la colpevolezza di Tess e si dirige immediatamente al castello dei Luthor.
Un altro flashback ci porta su Krypton. Jor-El sta riponendo nella Sfera tutti i campioni di sangue prelevati ai kryptoniani. Zod arriva lì chiedendo a Jor-El di includere nella sfera anche il dna di suo figlio, ma Jor-El gli dice di non poterlo fare. Zod è infuriato e gli promette che lo ucciderà.
Jor-El dice a Zod di aver manomesso la Sfera facendo si che, una volta aperta, questa non avrebbe dato alcun potere ai kryptoniani che ne sarebbero usciti. Zod comincia a picchiarlo, chiedendogli di ridarglieli. Jor-El cerca di farlo ragionare, rivelandogli che è stato lui la causa della distruzione di Krypton e che devono cercare di ricostruirsi una vita sulla Terra. Parlando Zod capisce che Jor-El sta cercando di coprire qualcuno della sua famiglia, così dà ordine ai suoi uomini di rilasciare Jor-El e cercare suo figlio.
Clark trova Jor-El a pochi metri dalla fattoria. Il suo vero padre è ferito e in fin di vita. Prima di spirare e morire tra le braccia di suo figlio, gli dice di essere orgoglioso di lui e di salvare Zod.
Sulla tomba del padre però Clark dice di non poter adempiere a quanto gli è stato chiesto, poiché Zod è diventato un uomo malvagio che non può essere salvato.
[Riassunto a cura di Nicola/Kal-El]
Chloe: Se sei corso qui per vedermi, vuol dire che l'episodio di I Love Lois di questa settimana non è andato in onda
Clark: Dai, sai che vengo sempre di corsa quando mi chiami. Anche se potrei essere responsabile della sparizione di tua cugina dall'etere
Chloe: Mi stavo chiedendo come mai se ne fosse andata così velocemente fuori città senza salutare. Che succede?
Clark: Io, uh... l'ho baciata
Chloe: Oh, sì, questo la farebbe sicuramente fuggire! Insomma, senza nessuna offesa Clark, è solo che la tipica risposta di Lois all'intimità è solitamente scappare a gambe levate fuori città
Clark: Non so proprio cos'è successo, sono andato da lei per parlarle e, senza che me ne rendessi conto, non ho potuto fermarmi
Chloe: Sì, non sono sorpresa, Clark. Sei innamorato di Lois da, tipo, gli anni '30
Oliver: Sai, Clark, se volevi seppellirmi nel deserto per essere andato a quell'appuntamento con Lois... avresti potuto almeno portarmi nel Nevada
Clark: Oliver, non...
Oliver: Sai, non fraintendere, lotterò in ogni caso. Ma almeno potrei essere andato a farmi un giro per Las Vegas prima dell'evento principale, capisci cosa voglio dire? Andare a vedere i Blue Man Group... magari Carrot Top. Sai, il mio prossimo regalo di Natale per te sarà il senso dell'umorismo
Tess:
Clark... ho aspettato così a lungo che ammettessi le tue origini kryptoniane. Ho sempre sperato che me lo dicessi perchè ti fidavi di me. Ma mi sta bene anche così
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