In un flashback vediamo Kara su Kandor che sta abbandonando Krypton. Kara viene rincuorata da suo padre, Zor-El, che le raccomanda di non perdere il cristallo e di non cercare di tornare indietro, per accettare il suo destino. Mentre pensa al suo passato Kara è in cielo, e per poco non si scontra con un aereo in volo verso la sua direzione.
Chloe e venuta a sapere del fatto e lo racconta a Clark. Egli è preoccupato del fatto che l’irresponsabilità di Kara sia colpa sua e, grazie a Jimmy, riesce a sapere che Kara è ancora alla ricerca del cristallo, che è nelle mani del governo. Clark va da Lionel per sapere maggiori informazioni riguardo il laboratorio che la Sicurezza Nazionale ha installato a Smallville, per individuare possibili minacce aliene.
In questo laboratorio un uomo ha rubato il cristallo di Kara e lo sta facendo analizzare. L’uomo riesce a nascondere il cristallo prima che Lex, da poco arrivato lì, lo veda. Kara è riuscita ad arrivare alla pista della Sicurezza Nazionale e, per arrivare al cristallo, seduce uno degli uomini del laboratorio e lo costringe a dirgli quello che sa su di esso. Kara riesce ad intrufolarsi nel laboratorio, ma qui il cristallo è scomparso.
Chloe intanto sta facendo qualche ricerca su una associazione chiamata Isis. La fondazione è stata creata da Lana per difendere e curare le persone infette dai meteoriti, ma la ragazza non vuole che Clark sappia nulla a riguardo. Clark intanto sta cercando di fermare Kara, che ha intenzione di trovare a tutti i costi il cristallo. Ma i tentativi di Clark sono vani, tanto che Kara, anche grazie all’aiuto di Jimmy, riesce a trovare una pista che conduce nel castello dei Luthor. Arrivata lì Kara viene fermata dall’uomo della Sicurezza Nazionale che stordisce prima Lex, e poi Kara grazie a delle manette di kryptonite.
Lana, grazie alle telecamere installate nel castello, ha visto tutta la scena e avvisa Clark del pericolo. L’uomo sta analizzando Kara, e la costringe, attraverso un macchinario a rivelare frammenti del suo passato.
Vediamo un flashback in cui Lara rivela a Kara di aspettare un bambino, e dimostra la sua intenzione di farlo crescere sulla Terra. Lara fa vedere a sua nipote anche la casa dei Kent, dove Kara le scatta una foto per poi nasconderla in un piccolo quadro di Martha.
Ma proprio mentre questi ricordi stanno affiorando Clark arriva lì, ma non riesce ad aiutare Kara, poiché la stanza è piena di kryptonite. Con le ultime forze Clark scaraventa lontano l’uomo ma, nel liberare Kara, ha egli stesso un ricordo del passato.
Zor-El è improvvisamente arrivato a casa Kent e, dopo aver ammonito Kara per essere lì, scongiura Lara di rimanere lì con lui per ricostruire la famiglia ed abbandonare Jor-El. Lara non vuole farlo, ma Zor-El le dice che ha nascosto il suo DNA nel cristallo che darà a Kara. Avendo sentito tutte queste cose Zor-El, tramite un oggetto kryptoniano, cancella la memoria di sua figlia.
Intanto Lionel, arrivato lì, ha sparato all’uomo e a Clark non resta che far rinvenire Kara e portarla al sicuro.
Alla fattoria Kara rivela a Clark che adesso è convinta di non voler più guardare al passato e pensare al cristallo, ma di voler costruire una nuova vita sulla Terra. Ella ha intenzione di farlo subito e va a ristabilire i suoi rapporti con Jimmy, al Daily Planet, invitandolo a pranzo. Chloe raccomanda Jimmy di non rimanere troppo accanto alla cugina di Clark, poiché nasconde ancora molti segreti.
Intanto alla fattoria Clark fa vedere a Lana la foto di Lara, spiegandole che è sua madre, e poi apre una scatola in cui c’è il cristallo di Kara.
[Riassunto a cura di Nicola/Kal-El]