Clark decide di rivelare il suo segreto a Lana, pensando così che la ragazzi ripensi alla sua decisione di andare a Parigi per frequentare la scuola d’arte e credendo di poter finalmente stare insieme.
La ragazza però scompare misteriosamente dopo aver consegnato il Talon nelle mani di quella che crede la figlia del nuovo acquirente ma che, in realtà, si rivela essere Emily Dinsmore, la vecchia amica d’infanzia di Lana che la aveva già perseguitata nella 2° serie. La ragazza è cresciuta fino a diventare adolescente nel giro di pochi mesi ed ora vuole costringere Lana ad essere sua amica tenendola rinchiusa per evitare che vada a Parigi. Clark scopre l’accaduto in tempo e salva Lana.
Nel frattempo, Pete viene torturato da un agente dell'FBI che vuole scoprire il segreto di Clark per conto di Lionel. Lex lo salva ma la situazione in cui si è trovato lo porta a prendere un'importante decisione: quella di trasferirsi lontano da Smallville, stanco di mantenere il segreto di Clark e di essere in pericolo per questo motivo. Clark, visto quali conseguenze ha portato a Pete conoscere il suo segreto, decide di non rivelarlo più a Lana.
Infine, con l'aiuto di Chloe, Lex ha finalmente le prove necessarie per far mettere suo padre dietro le sbarre, evitando così le ritorsioni minacciate dall'FBI.