CHI HA SPARATO A LIONEL LUTHOR? - Quando Lionel viene colpito da una pallottola, Jonathan è arrestato ma dopo che Clark e Pete fanno delle investigazioni sulla scena del crimine per conto loro, capiscono che più di una persona ha avuto l’opportunità di uccidere Lionel – incluso Lex. Nel frattempo, Lana ha dei sospetti dopo che chiede a suo padre di prendere in mano il caso di Jonathan e questo rifiuta adducendo misteriose ragioni.
Lionel Luthor viene ferito da un colpo di arma da fuoco mentre si trova nella residenza del figlio. Il primo sospetto del tentato omicidio è Jonathan Kent che viene stranamente ritrovato addormentato e ubriaco nel suo furgone con affianco una pistola. Clark inizia un’indagine parallela a quella della polizia per cercare di scagionare il padre. Lana complica tutto quando rivela di aver sentito Jonathan e Lionel litigare la sera prima della sparatoria. La polizia sospetta che il movente possa essere un’eccessiva attenzione di Lionel verso Martha. Jonathan ammette di aver bevuto dopo la discussione una sola birra ma le analisi del sangue lo smentiscono.
Il successivo sospettato è Dominic, ambizioso assistente di Lionel Luthor. Lex lo accusa e Dominic reagisce incolpando a sua volta Lex di volere la morte del padre per poter acquisire il pieno controllo della Luthor Corp. I reciproci sospetti non vengono rivelati allo sceriffo.
Mentre Clark e Pete stanno indagando, la loro macchina viene buttata fuori strada da un camion. L’auto esplode ma Clark riesce a mettere in salvo Pete facendogli scudo con il proprio corpo. Clark si dirige al bar dove si suppone Jonathan si sia ubriacato e trova il barista morto.
Nel frattempo all’ospedale qualcuno tenta di completare il tentativo di omicidio di Lionel sparandogli di nuovo ma Clark arriva all’improvviso e blocca il killer scoprendo che si tratta dello sceriffo Ethan. Lo sceriffo rivela che lui, Jonathan e il barista erano stati compagni di scuola alle superiori, di aver falsificato gli esami del sangue, aver messo la pistola accanto a Jonathan nel furgone e di aver fatto drogare Jonathan dal barista la notte del tentato omicidio. Il movente delle azioni dello sceriffo è nell’esasperazione causata da un ricatto portato avanti da Lionel nei suoi confronti per lungo tempo.